先天性心脏病的原因其实并不清楚，目前最常见的原因为病毒感染，所以现在妈妈们在怀孕之前要筛查风疹，在孕早期风疹病毒感染是可以诱发先天性心脏病的。

除了病毒感染之外，可能还会有一些其它的化学因素、情绪、遗传性，或者胚胎自身在发育过程中出现问题等，都可能出现先天性心脏病。