胚胎停育的原因有与胚胎的因素和母体因素，以及环境因素都有关系，胚胎染色体异常是造成胚胎停育的主要原因。

对于早期流产子代 的检查发现，大约有50%到60%的胚胎停育，自然流产的孕妇有胎儿染色体的异常，夫妇任何一方有染色体异常都可以传至子代，导致胚胎停育和自然流产。

另外，母体的全身性疾病，包括严重的全身感染、高热或者是合并有严重的内外科疾病，都可以导致流产和胚胎停育、黄体功能不足、甲状腺功能低下、严重的糖尿，病血糖没有很好的控制，也会引起流产和胚胎停育，免疫因素由于抗磷脂抗体阳性或者是母儿血型不合，导致胚胎停育或胎儿流产的发生率也较高。

另外就是子宫畸形，如双角子宫、单角子宫、子宫纵隔、宫腔粘连等等，都是引起胚胎停育的原因。