一般来说，核磁共振从头到脚都可以检查，因为核磁共振具有较高的软组织分辨率，能查出的疾病也有很多，比如头部可以检查出先天性颅脑发育异常、脑积水、脑萎缩、脑血管疾病、颅内肿瘤和感染、颅脑外伤等；还可以检查眼部的疾病，比如眼眶前病变、眼外肌病变、视神经病变、眼球病变等；可以检查鼻咽部以及喉部的良性、恶性病变；可以检查口腔及颌面部的病变、纵隔以及肺门、胸腔与胸壁、乳腺、心脏以及大血管的病变；腹腔病变比如肝脏、胆系、胰腺、脾脏的原发性或转移性肿瘤，以及先天性病变。

同时，也可以检查肝寄生虫以及胆道梗阻、肝脓肿、炎性假瘤、胰腺炎以及并发症；对于盆腔病变比如膀胱、输尿管、前列腺、精囊腺、子宫、卵巢以及附件的病变，还有盆腔及其脏器的损伤；肾脏及肾上腺的病变；脊柱的病变，例如椎管内肿瘤，还有脊髓病变、脊柱及脊髓外伤性病变、脊柱及脊髓的先天性病变，椎间盘突出、椎管狭窄、骨关节及肌肉病变等等。对于不同部位能够查出的疾病也有很多。