霉菌性外耳道炎确诊以后，医生在治疗之前一般会将耳道内的分泌物彻底清洁干净，再使用药物治疗，也可以配合使用物理治疗，临床上常常将两者结合治疗外耳道炎。

可以用制霉菌素油膏、1%克霉唑软膏、两性霉素B软膏局部涂布，或者用氨本磺胺与硼酸等量的混合粉剂，喷入外耳道的创面上。

物理治疗可以使用超短波，以及中低频生物电磁波所形成的立体叠加共振去治疗，可以加快血液循环，消除炎症，改善听力，达到治愈外耳道炎的目的。在治疗期间，之一耳内不要进污水，耳道要保持清洁干燥。