肛瘘和痔疮的区别主要是以下几个方面：

1、病因不同：大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，肛周的化脓性感染如治疗不及时，可能不断损伤肛周组织，就像在肛门周围「打洞」，时间长了，就有可能形成一个从肛周皮肤到直肠的通道，肛瘘就形成了。而痔疮是由于局部刺激或饮食习惯，长期久坐、久站、长期负重远行，或者是由于肝门部静脉压升高，腹内压升高等因素导致。

2、症状不同：肛瘘表现为肛门周围的异常管经常会排气、排液，甚至排粪便。同时肛瘘会反复感染，流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。而内痔表现为出血和脱出，无痛性间歇性便后的出血是内痔的常见症状；外痔主要表现为肛门部不适、潮湿不洁，有时伴有瘙痒，混合痔两种症状都可出现。

3、治疗方式不同：肛瘘一般使用手术治疗，常用的手术方法有，瘘管切开术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术。痔疮根据情况可以使用药物治疗、注射治疗、红外线凝固治疗、胶圈套扎疗法，手术治疗等。