由于引发直肠炎的病因较复杂，医生会根据引发直肠炎的病因以及症状采取相应的治疗措施。可根据病情，局部或全身用药等方法。 患者患有直肠炎需要去医院检查确认病因，医生确诊后会根据敏感菌选用合适的抗生素，如阿司匹林、头孢类、喹诺酮类药物。

医生还会根据直肠炎的肠镜检查来进行局部治疗方案，如直肠黏膜水肿患者可用生理盐水、高锰酸钾溶液灌洗直肠。黏膜糜烂患者用可的松溶液或硝酸银溶液。括约肌、肛提肌痉挛患者可将温橄榄油注入直肠内。直肠黏膜萎缩变干患者，可每晚于直肠内注入薄荷油适量。

肛门直肠疼痛的患者还可以使用痔疮膏。