克罗恩病的发病原因至今还不是很明确，目前认为可能与感染、遗传、免疫三个因素都有关系。遗传因素在克罗恩病的发病中占了比较重要的地位，所以患者的直系亲属相对于一般的人群，患克罗恩病的可能性要大大增加。精神刺激、饮食因素以及不卫生的习惯，都可以诱发病情加重。腹部外伤或者过敏反应等，可作为致病因子作用于机体引起淋巴组织增生的肉芽性病变，形成淋巴管梗阻、溃疡、瘢痕、瘘管等损害。