克罗恩病最常见的并发症主要是两种，一个是肠内并发症，一个是肠外并发症。 肠内并发症：主要是一个肠梗阻，是最常见的，其次就是腹腔脓肿，偶尔可以发生急性穿孔和大量的出血。直肠或者结肠黏膜受累，可以发生癌变。原发性硬化性胆管炎的发生率也会上升。

肠外并发症主要是一个关节炎，此外，反复发作可引起患者的焦虑、抑郁；非酒精性脂肪肝病是最常见的一个肝损伤；克罗恩患者还可以发生肾结石、胆结石。