肠道病毒除了引起疱疹性咽峡炎及手足口病外，还可以引起非特异性发热、呼吸道感染，如喉气管支气管炎、毛细支气管炎、肺炎、喘息性支气管炎等，可引起非特异性皮疹、中枢神经系统感染，如无菌性脑膜炎、脑炎、脑干脑炎、类脊髓灰质炎样疾病，可引起心肌炎和心包炎、流行性胸痛或肌痛、急性出血性结膜炎、胰腺炎、腮腺炎、睾丸炎、腹泻、糖尿病等许多疾病，所以要引起我们的重视。

疱疹性咽峡炎有些书上把它归属于一种特殊类型的急性上呼吸道感染，一般类型的急性上呼吸道感染是指鼻腔、咽或喉部急性炎症的总称，常用感冒、鼻炎、急性鼻咽炎、急性咽炎、急性扁桃体炎等名词诊断。主要由鼻病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、副流感病毒、腺病毒、冠状病毒、偏肺病毒等引起，也可以由肺炎支原体、细菌等引起。 主要表现为鼻塞、流涕、喷嚏、干咳、咽部不适和咽痛等局部症状及发热、头痛、乏力、烦躁不安、全身不适等全身症状。部分患儿有食欲不振、呕吐、腹泻、腹痛等消化道症状，多在3-7天内好转，婴幼儿可因发热引起惊厥。 疱疹性咽峡炎是柯萨奇病毒、埃可病毒感染所致的急性传染性疾病，好发于夏秋季节，有发热、咽痛、流涎、厌食、呕吐，咽峡部有疱疹，需隔离。

疱疹性咽峡炎和手足口病都属于肠道病毒感染引起的出疹性疾病，但两者不完全相同。 从临床表现上：疱疹性咽峡炎主要是在咽峡部有疱疹，皮肤无皮疹，症状相对较轻。而手足口病的疱疹可出现于舌、颊粘膜、硬腭、牙龈、扁桃体、咽部等各处，而且手足臀部及身体其他部位出现皮疹，症状相对较重。 从病原体上：肠道病毒的各种型别既可以引起疱疹性咽峡炎，又可以引起手足口病。而引起手足口病的各种病毒型别不同，临床症状也不完全相同。EV71感染不管是引起疱疹性咽峡炎还是引起手足口病，相对来说症状都较重，可并发严重的脑干脑炎和神经源性肺水肿，所以各医院对于这种类型病人都会建议做这个病原学检查。