扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的，在临床上有各种不同的表现，比如寻常疣、扁平疣、痣疣，还有和性传播相关的尖锐湿疣。人乳头瘤的病毒的亚型有100多种，那么由于不同的亚型所导致的临床症状也不同，所以扁平疣的人乳头瘤病毒的亚型和尖锐湿疣是不一样的。

扁平疣的一个主要的传染源还是患者，或者是一些健康的带病毒的这样一些人群，可以通过一些皮肤粘膜的微小的破损，病毒就可以进入皮肤的上皮细胞里面，然后进一步的就复制增殖，导致了扁平疣的症状，包括患者如果自身的搔抓，在一个扁平疣的进展期经过搔抓，也会发生自体接种反应，就是沿着搔抓的抓痕，也可以呈现一串珠样排列的扁平尤的皮损。