扁平疣的治疗主要是包括几个方面，一个是物理治疗，一个是局部药物治疗，再一个就是全身药物治疗。

局部的物理治疗包括激光、冷冻，微波等等这样一些治疗方法，主要适用于皮疹的数目不多的时候，皮疹数目比较少的时候也不会引起比较大的创伤。如果皮疹数目比较多的时候，建议还是使用局部药物治疗和口服或注射药物治疗。

局部药物治疗，比如外用的抗病毒药物阿昔洛韦、喷昔洛韦，外用免疫调节的药物，比如干扰素、也可有抗病毒的作用，还有外用的氟尿嘧啶、外用维A酸类的药物都可以。

另外就是口服药物治疗，包括抗病毒的口服药物阿昔洛韦等等，还有口服的维A酸一类的药物。另外就是可以用一些提高免疫力的药物，调节免疫的药物，比如胸腺肽、干扰素等等，但是所有的这样一些治疗都是要在医生的指导下进行。