寻常疣和扁平疣是由同一种病毒感染导致，主要是由人乳头瘤病毒感染引起，但是不是同一个类型所导致，人乳头瘤病毒有一百多种，其中有八十多种跟人类的疾病相关，引起扁平疣的人乳头瘤病毒主要是三型和五型，引起寻常疣的人乳头瘤病毒主要是人乳头瘤病毒一型，二型、四型和七型。

因此寻常疣和扁平疣是由不同类型的人乳头瘤病毒感染导致，出现了扁平疣和寻常疣，主要是由于皮肤粘膜有微小的破损口，病毒趁机进入人体的上皮细胞，并在上皮细胞中复制、增殖，导致了上皮细胞异常的增生和分化，就会在表皮形成一些良性的赘生物。