疱疹和手足口病的区别主要还是以临床症状和相应的实验室检查，首先是手足口病是肠道病毒柯萨奇或EV71等病毒感染引起的。而疱疹则是由其他的病毒感染导致，可以通过血液的相关抗体检测来进行鉴别。

另外手足口病的疱疹主要分布在口腔黏膜、手掌、足底等臀部，有一定的规律性。而疱疹则没有固定的部位分布，可以出现在颜面部，躯干部以及口腔黏膜上，所以要结合具体的临床症状特性来进行鉴别。两者都是病毒感染，其治疗原则都是一样，同时要加强自身免疫力，防止病情反复和交叉感染。