皮样囊肿与畸胎瘤都是发生于纵隔的肿瘤，但是两者是存在一定区别的。皮样囊肿是指发生于纵隔的一种良性的肿瘤，而畸胎瘤包括了良性畸胎瘤和恶性畸胎瘤两大类，其中恶性畸胎瘤是发生于纵隔的一种恶性肿瘤，它对机体的影响是较大的。

皮样囊肿和良性的畸胎瘤对机体的影响较小，两者的区别还表现在治疗方法是存在不同的，对于皮样囊肿和良性的畸胎瘤，一般给予根治性的手术治疗即可。而对于恶性畸胎瘤的患者来说，除了手术治疗外，还包括一些化疗、放疗等其他的抗肿瘤治疗措施。

此外，两者在临床表现方面也是存在很大的不同，皮样囊肿一般没有明显的临床症状，而畸胎瘤由于病变发生转移，可以引起转移到的症状。