疖子通常是由于毛囊或者是汗腺堵塞，然后继发感染之后形成的，而巴氏腺囊肿通常是由于巴氏腺的腺体开口被堵塞之后，导致其内的分泌物不能排出，从而形成的巴氏腺的囊肿。

巴氏腺所处的位置是女性的大阴唇的下方，所以从位置上来讲，巴氏腺一般只会处于这个地方，疖子可以处在任何地方；第二方面，是疖子通常它的大小是相对比较小的，当然也有少数比较大的，而巴氏腺的囊肿通常会比较大，疖子通常是处于一个炎症感染状态的，而巴氏腺囊肿有可能并没有感染，就是单纯的一个囊肿，不一定会有明显的红、肿、热、痛，当然，它有可能继发感染，形成巴氏腺脓肿，也会有红、肿、热、痛的出现。