肠结核，肠外结核症状多见，克罗恩病，一般没有肠外结核的表现。肠结核的复发不多，克罗恩病的病程较长，而且缓解与复发交替。肠结核一般比较少见瘘管，腹腔脓肿，以及肛周病变，而克罗恩病可以有瘘管，腹腔肿块以及肛周的病变。肠结核患者结核菌素试验可以是阳性，欧克罗恩病患者结核菌素试验为弱阳性。如果是肠结核患者，经过抗结核治疗以后，症状可以明显改善，而克罗恩病患者经过抗结核治疗以后，症状没有明显改善。再者，肠结核患者组织病理学检查，可以看到结核分歧杆菌，而且也可以看到干酪样坏死。而克罗恩病患者，病理检查结核分枝杆菌阴性，也没有干酪样坏死。