巧克力囊肿在治疗后又出现了复发是可以成功怀孕的，只是怀孕的几率会有影响，巧克力囊肿复发，最好不要马上准备怀孕，还需要先进行对巧克力囊肿的治疗，可以在医生的指导下选择手术治疗或者应用药物治疗，手术治疗后，还需要注意卵巢的排卵的功能，是否有排卵，可以在彩超的监测下监测排卵的情况。

另外药物治疗的疗程一般在三个月到六个月之间，经过药物治疗后，巧克力囊肿没有再次的增大，就可以准备怀孕了，只是备孕和怀孕期间仍然注意巧克力囊肿的变化。