苯丙酮尿症在新生儿期一般无明显特殊的临床症状，部分新生儿可能会出现喂养困难、呕吐或易激惹等症状，一般在生后三个月才逐渐出现苯丙酮尿症的表现。

苯丙酮尿症在新生儿期可以采足底血行新生儿筛查，如果宝宝满月了，可以做血苯丙氨酸测定，尿三氯化铁及2,4-二羟基苯肼实验、苯丙氨酸负荷试验、HPLC、尿蝶呤图谱分析、口服四氢生物蝶呤复合实验、脑电图、头颅CT或磁共振检查、智力测定等检查。