经过潜伏期后，典型的百日咳会经过三期的临床表现。

第一期是卡他期，或称痉咳前期，此期传染性最强，在此期若能及时治疗，可以控制病情的发展。

如卡他期未能有效控制，则进入了痉咳期，痉咳期患儿会出现阵发性痉挛性咳嗽，以夜间明显，痉咳时会表现出颈静脉怒张，眼睑和颜面充血水肿，口唇发绀，此期最长可达两个月之久。

痉咳期后进入了恢复期，在恢复期，患儿阵发性的痉挛性咳嗽逐渐减少并减轻。