鼻咽癌的分期还是根据主流的TNM分期来进行的，T分期指的是原发肿瘤的状况；N分期描述的是淋巴结转移的状况；M分期则为远处转移的状况。

对于鼻咽癌侵犯至颅底属于T分期中的第二期，即所谓的T2期，T1期的患者鼻咽癌的原发肿瘤局限于鼻咽之内，而T2期指的是原发病灶已经突破了鼻炎，侵犯到了鼻腔、口腔，或者累及了颅底以下的一些肌肉和神经。虽然鼻咽癌发生颅底转移属于T2期，但并不影响鼻咽癌进行放疗和化疗等抗肿瘤治疗，有相当一部分的鼻咽癌侵犯颅底的患者，经过放、化疗后可以有效的控制病情。