在白塞病的鉴别诊断中，口腔溃疡应该与单纯复发性口腔溃疡、维生素缺乏、病毒感染所致的口腔溃疡相鉴别。皮肤损害应该与其他类型的血管炎、皮肤病相鉴别。关节受累应该与血清阴性脊柱关节病，比如强制性脊柱炎之类的相鉴别。同时，如果出现外周关节的受累，还需要与类风湿关节炎、骨关节炎之类的疾病相鉴别。肠白塞应该要与炎症性肠病、肠结核、淋巴瘤之类的疾病相鉴别。