简单的说两性畸形的发生原因与性染色体的疾病有关，大家都知道在胚胎发育的过程中，性器官会分化成男或者女，其决定的因素，就是最初有遗传因素所控制的。比如新个体的染色体组型为46双X就会发育成女性，染色体组型为46XY的话发育成男性。因为Y染色体上具有决定原始生殖性腺分化成睾丸这种基因，X染色体缺乏这种基因。所以，如果染色体的数目或者结构发生变化的话，就容易出现性分化的紊乱，出现两性畸形。