子宫内膜异位症最常见的临床症状是疼痛、月经的异常和不怀孕。 疼痛主要表现为痛经、慢性的盆腔痛以及性交的疼痛，还有急性的小腹疼痛。 痛经主要表现为继发性，一般在月经来之前的一到两天出现，月经的第一天最剧烈。慢性的盆腔痛一般表现为平时总感觉小腹疼痛。 对于性交的疼痛，临床上只有30%的患者出现这样的症状， 月经的异常表现为月经的量多、经期的延长。