脑干是人的生命中枢，手术的风险大，目前一般来说是采用内科保守治疗。内科的治疗同脑出血的治疗原则是一样的，以止血、护脑、脱水、降颅压、预防感染等对症支持治疗为主，但是总体来说脑干出血的预后差，病死率很高。 其死亡的主要原因有中枢性呼吸循环衰竭、有肺部感染、消化道出血、水电解质的紊乱等等。 另外，对于大于10毫升的脑干出血，可以选择开颅手术，或者是神经引导下微创血肿引流术，但是效果都很差，风险也很高，在大部分的医生和大部分的医院都是不主张做这类手术的。