抗甲状腺过氧化物酶抗体升高，提示患有自身免疫性的甲状腺疾病。在自身免疫性的甲状腺疾病当中，抗甲状腺过氧化物酶抗体升高滴度是不一样的。在弥漫性毒性甲状腺肿伴有甲亢当中，也就是graves病的患者当中，抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的滴度不是很高。而在慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也就是桥本氏甲状腺炎的患者当中，抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的滴度是很高的。

抗甲状腺过氧化物酶抗体是一个破坏性的抗体，因此存在抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的患者将来发生甲减的几率是很大的。