新生儿的甲状腺功能减退症的确诊，是需要通过化验甲状腺功能来明确诊断的。目前在临床上新生儿出生的时候，是需要常规的做足跟血的甲状腺功能化验的，如果化验足跟血的甲状腺功能，发现促甲状腺激素是升高的，或者游离甲状腺激素是降低的，这种情况高度怀疑患有甲状腺功能减退症。

需要进一步的，做静脉血的甲状腺功能化验检查来明确诊断。如果静脉血的促甲状腺激素仍然是升高的，游离甲状腺激素是降低的，就可以诊断为新生儿的甲状腺功能减退症，需要尽早的应用合适剂量的，左甲状腺素钠片进行替代治疗。