霉菌性阴道炎大多数是由于病原体为假丝酵母菌所引起的。一般假丝酵母菌在人体内不致病，免疫力低下的时候才会侵犯组织，引起严重的反应，一般发生在应用广谱抗生素或者是糖尿病的病人或者是免疫力低下的人群。

假丝酵母菌的对热敏感，加热至60℃一个小时即可死亡，对日光干燥、紫外线及化学制剂等抵抗力较强。假丝酵母菌为条件致病菌10%-20%的非孕妇女及30%的孕妇，阴道都会有假丝酵母菌寄生，但是菌量比较少，不会引起炎症。当全身阴道局部免疫力低下的时候，假丝酵母菌就会大量繁殖，侵袭组织引起炎症的反应。