贲门失弛缓症主要的发病病因，到目前为止还没有那么明确。那么在临床上,有人认为可能是因为神经肌肉功能的障碍引起的，但是它的发病和的食管的神经节的细胞减少或者缺乏，以及分布缺陷等有关，而且常伴有淋巴细胞浸润的炎症表现，还有的是发现这个病因，可能与感染或者是免疫力低下等等这些因素有相关性。