儿童不明原因发烧需要进行早期的鉴别诊断，才能对症治疗。发烧只是儿童感染性疾病的一个临床症状，所以其判断要结合其他的临床表现和实验室检查，按照发热的病原学检查，包括有细菌感染、病毒感染、真菌感染、支原体感染等。按照疾病的系统分类，有呼吸系统疾病、消化系统疾病、血液系统疾病及泌尿系统疾病。而常见的儿童发热的疾病还有川崎病、传染性细胞单核增多症、麻疹、猩红热等，所以需要临床医生进行详细的体格检查和完善的实验室检查来进行鉴别诊断。