小儿发烧灌肠对身体是有一定影响的，首先发热灌肠其内容物往往是一些药物性的成分，可能会对肠道的粘膜有损伤，并且会导致肠道的菌群失调，出现消化不良、腹泻、腹胀等不适症状。

如果灌肠的压力过高，还会出现肠穿孔等严重的并发症，同时也要注意在灌肠时要依据患儿的具体情况选择药物，因为发热灌肠很多是在小诊所进行，其灌肠内容比较复杂，有抗生素、激素、一些中成药，缺少循证医学，容易出现不良反应。