心脏射频消融手术的后遗症主要和射频消融相关的并发症有关系。如果射频消融手术损伤到房室结等心脏的传导系统，有可能引起严重的心动过缓并发症发生，导致患者出现头晕、视物黑朦，甚至晕厥的症状发生，这种情况需要及时植入永久起搏器治疗，改善症状。

如果射频消融损伤到神经或者肌肉，有可能导致患者出现一侧的肢体乏力或者局部的肌肉萎缩等后遗症现象发生。如果射频消融手术损伤到血管，部分患者有可能出现假性动脉瘤一类的并发症，部分患者甚至需要及时的外科手术修补治疗。