磁共振可以说是现在医院里面最先进的影像学检查手段了，准确率很高，能够观察的疾病以及部位也很多。一般全身各个系统的疾病都可以诊断，但是它最主要的优势是在神经系统、骨关节系统和软组织疾病的诊断方面，比如CT和核磁都能够诊断脑梗塞、脑出血，但是对于急性期的脑梗塞，因为起病很急，时间短，堵塞血管供应的脑组织，这个时候还没有坏死，所以这个时候去做CT检查，可能很难发现病变。但是在核磁共振的DWI序列上面，却可以有很清晰的显示，所以对于急性的脑梗塞来说，核磁共振的检查优势是明显大于CT的。

还有一些头部的脑白质病变，血管畸形，小儿先天性疾病，核磁共振都比CT有无可比拟的优势。骨关节系统里面的半月板变性、韧带断裂、肌腱损伤、软组织的挫伤也是依靠核磁共振的检查。同时核磁共振在妇科肿瘤、前列腺癌、乳腺肿瘤的定性方面更是临床医生治疗最重要的一个依据。