天生异瞳实际上是由于虹膜异色而造成的，也叫虹膜异色综合症，它主要是两个眼睛的虹膜颜色不同，或者同一只眼睛虹膜各部位颜色不一样导致的。虹膜异色综合症原因不明，有先天性和后天性两种情况，先天性的虹膜异色可能与遗传有关系，目前虹膜异色综合症没有有效的治疗办法。

当然异瞳还有一些可能是先天的异常，比如先天性虹膜残留也有可能是异瞳，这种情况也要进行定期的观察。