肛瘘一旦确诊，必须要手术才能根治。

因为肛瘘是慢性感染疾病，经常从内口的肛腺处感染，有一些脓液或分泌物沿着瘘管从破溃的外口流出，外口经常潮湿、瘙痒、流脓，给患者造成非常大的痛苦，需要做手术把整个瘘管，把感染内口彻底地清除干净，达到彻底的治愈的目的。但是一些高位的肛瘘在手术难度上非常大，有些可能不能达到一次根治，需要再次手术。