婴儿脑积水形成的原因有很多，最常见的是先天性的脑积水，先天性的脑积水往往会导致中脑导水管的狭窄，而导致整个脑脊液循环的受阻，因为脑脊液从双侧的侧脑室脉络丛分泌出来，由双侧的侧脑室流向一个正常的唯一的三脑室。从三脑室再往下经过一个羊肠小道，而且是唯一一个通道，叫中脑导水管，来进入到了四脑室，四脑室有三个出口，有一个出口是正中的出口，一直延续到脊柱。所以脑和脊髓、脑脊液是从这相通的。还有两个侧口，重新回到蛛网膜下腔，最后经过蛛网膜颗粒吸收入血液系统。这是整个脑脊液的循环过程。

先天性的脑积水，往往容易导致中脑导水管狭窄、堵塞，从而导致中脑导水管以上的双侧侧脑室后，唯一的这个三脑室的扩张。脑脊液下不来，上面就会有一定的扩张，这是一个非常常见的原因。当然婴儿一旦脑室里面有出血的话，那么这些血液也容易把中脑导水管给堵住，或者把最后吸收脑积液的，蛛网膜颗粒的这地方给堵住，以及还可能会有脑外伤或者比如说是脑肿瘤，压迫了脑脊液循环的整个通路，也可能会导致脑积水的形成，这些都是婴儿很常见的脑积水形成的原因。