急性胃肠炎有一些是可以自愈的，但大多数是不能自愈的。自限性的疾病，有一些像轮状病毒的感染、腺病毒感染，它有可能在一周左右的时间，就能够自己恢复，有一定的自限性。还有像一些细菌感染，很难达到自愈，需要辅助抗生素的治疗。

还有一些胃肠炎是免疫性的疾病，比方说临床上非常常见的炎症性肠病，像溃疡性结肠炎或者是克罗恩病，基本上是不能够自愈的，多数都需要进行临床的治疗干预，可以用药物治疗，可以用一些肠的黏膜保护剂，还有调节肠道菌群的益生菌，用一些抗炎药，可以用5-氨基水杨酸这类的；再严重的还可以用激素，还可以用免疫抑制剂，甚至可以用一些生物制剂来进行治疗。

尽管可以选择用这么多的治疗，但是也不能保证每一个炎性肠病的人能够治好，甚至有一些严重的炎性肠病不但治不好，可能还危及到生命。