慢性肠炎的治疗主要是根据病因来进行，再就是根据症状来进行。

对于病因方面，病毒感染引起来的，像腺病毒、轮状病毒等，就可以针对病毒来进行一些抗病毒治疗。还有一些细菌感染，比方说痢疾杆菌、大肠杆菌的感染，伤寒、副伤寒的感染等，可以选择针对性的有效的抗生素来进行治疗。还有的是寄生虫感染，比方说阿米巴感染，也可以选择针对阿米巴的抗生素来进行治疗。

有一些人的慢性肠炎是因为代谢病，比方说像糖尿病、甲状腺机能亢进等等，主要是治疗原发病，把血糖控制好，把甲状腺功能恢复正常，那这种腹泻就可以控制得了。像炎性肠病，相对来说治疗时间就比较久了，需要个体化的进行治疗。