在排除麻醉造成的风险之外，斜视手术是一款比较安全的手术，它没有什么大的风险。但是还是存在一些所有手术都遇到的一些问题，比如术中、术后出血，出血量是非常小的。做手术目的是为了把眼位矫正，通过改变肌肉的位置来达到目的。有可能手术之后并不能够完全达到术前的要求，手术后出现过矫或者是欠矫的问题，需要二次手术。

同时斜视的手术设计，有时候也是分步进行的，因为手术的肌肉条数比较多，有可能引起眼前节缺血的风险。所以有时候的手术设计，是分步进行的。同时，由于斜视手术改变了原有的眼球的位置，改变了原有的视觉经验，有可能早期出现复视的现象，这个跟眼位的变化有关系。有的病人能够自我恢复，有的病人需要再次调整手术肌肉的位置。