脑动脉瘤介入手术的弊端通常有三点：第一是手术费用比较高，但是现在随着国产材料的开发，费用在逐步下降。

第二是手术后可能导致一系列的并发症，比如血管痉挛导致脑梗，术中破裂出血等。如果出现这些并发症，可能需要转开颅手术来解决。手术中如果使用了支架辅助，那么术后可能会长期服用抗血小板聚集药物。

第三，介入手术术后复发的概率，比开放手术相对而言要高一些。但是近来随着介入技术及材料学的发展，动脉瘤介入栓塞术的复发率明显降低。某些动脉瘤的复发率，基本上与开颅夹闭区别不大，海绵窦内的动脉瘤介入栓塞更具有优势。