肝内胆管的结石治疗比较复杂，一般都是依靠外科手术，原则是去除病灶，取出结石，矫正狭窄的胆管，通畅引流。

胆管炎急性发作时应立即就医，控制胆道感染，通过经皮穿刺胆道穿刺治疗，或者经内镜逆行性胰胆管造影，也就是ERCP取石；对不伴发胆管狭窄的肝内胆管结石，由于手术风险高，反复发作的患者或者不能耐受手术治疗的患者，可经ERCP取出；并发胆汁性肝硬化或者是多次手术后，手术风险较高，不能够再次进行手术的患者，药物治疗主要包括退热止痛、消炎利胆等。