原发性胆管结石和感染、胆汁淤积以及胆道蛔虫有关，胆道感染一般是逆行性胆道感染，比如胆总管炎或者是反流性食道炎，都会导致胆管感染，会导致胆管、胆囊形成结石，结石以胆色素或者混合结石为主。

继发性胆管结石是胆囊结石排入到胆管，或者肝内胆管结石掉到胆管，引起肝内或肝外胆管形成小结石，在此基础上逐渐增大，形成大的结石，严重情况下会堵塞胆总管，形成胆管炎。