巧克力囊肿的突出症状是痛经，病人痛经非常严重，而且一次月经比一次重，吃止痛药都不管用，还有其他一些症状，比如说同房痛。

严重的巧克力囊肿不来月经的时候也会疼，也会不舒服，甚至很大的囊肿会影响到大小便，这个就很少见了，它还有一个严重的结局就是会影响到怀孕，造成不孕。