巧克力囊肿的发病原因目前还没有非常地清楚，但是目前考虑主要和经血逆流有关，就是月经期那些子宫内膜没有排出去，于是顺着输卵管异位到腹腔里边，这些内膜异位病灶种植在卵巢上，就造成了卵巢的子宫内膜异位囊肿，囊液黏稠，咖啡色，和巧克力非常地像，所以俗称巧克力囊肿。

但是有些危险因素应该注意，比如说晚婚晚育，或者不恰当的一些宫腔操作，都会造成经血逆流，也是这个病的危险因素。