子宫内膜异位症手术是最终确诊的方法，如果在手术中发现子宫内膜异位症的病灶，把病灶剔除以后做病理检查，这是最终确诊方法。

很多病人没有到达做手术的程度，这样主要是通过临床症状和检查来确诊，通常有明显痛经表现，除了痛经之外，检查可以发现局部生长的包块或者结节，通过超声也可以发现子宫内膜异位症。同时也可以做标志物的检查，标志物升高也跟子宫内膜异位症生长有关系。

所以子宫内膜异位症的确诊最终是靠手术，但没有手术指征的病人通过症状、影像学加标志物检查，也能够基本确诊疾病。