子宫内膜异位症的治疗一般要看她的临床表现、疾病严重程度，看病变发生的部位来综合处理。最常见的子宫内膜异位症是卵巢巧克力囊肿，小的一两公分的巧克力囊肿可以终生不治疗，一般来说问题不大。

那么对于大的五六公分以上的卵巢巧克力囊肿，就要考虑是否需要手术治疗了。对于年轻女性它影响生育了，那当然要在生育之前手术治疗，生育之前手术治疗也有可能引起卵巢周围的粘连，对生育不见得是100%的好事。所以生育之前的巧囊一般都建议先让试孕半年到一年，如果怀孕不上再做手术。

那么已经完成生育功能之后的巧囊，就要考虑巧囊的恶变这种罕见情况。如果巧囊里超声上有一些异常的回声，或者CA125逐渐升高，巧囊逐渐增大，那么就要手术治疗了。或者巧囊破裂了，急腹症，当然一般也是要手术治疗的。

其他部位的子宫内膜异位症，比如肌腺症这类的也可以通过手术切除，当然也可以通过药物治疗，比如单纯的痛经，可以通过一些抑制月经的药来治疗。