直肠脱垂的治疗依年龄、严重程度的不同而不同，主要是消除直肠脱垂的诱发因素。幼儿直肠脱垂以保守治疗为主，成人的黏膜脱垂多采用硬化剂注射治疗，成人的完全性直肠脱垂则以手术治疗为主。其治疗的方式主要要有以下几种：

一、胶布贴合法 适用于幼儿早期直肠脱垂。将脱垂直肠复位后，做直肠指检，将脱垂肠管推到括约肌上方，取俯卧位，用纱布卷堵住肛门，再将两臀部靠拢，用胶布固定。

二、药物治疗 将硬化剂注射到脱垂部位的黏膜下层内，骨盆直肠间隙及直肠后间隙内，使黏膜与肌层，直肠与周围组织产生无菌性炎症，粘连固定，对儿童与老人疗效尚好，成年人容易复发，适合Ⅰ、Ⅱ度直肠脱垂的患者。

三、手术治疗 成人完全性直肠脱垂的手术方式很多，各有优缺点和不同的复发率。手术途径有4种，包括经腹部、经会阴、经腹与经会阴联合和经骶部。

四、腹腔镜手术 腹腔镜治疗直肠脱垂多采取直肠固定术，具有手术损伤小，患者痛苦少，术后恢复快、并发症少等优点。