肛管癌治疗必须根据其病理类型、生长部位、侵犯的范围、癌细胞的分化和恶性程度、有无淋巴转移，采取不同治疗方法。其中手术是综合治疗的一部分，且更着重放射治疗和化学治疗的联合应用。影响肛管癌预后的因素主要是肿瘤的分期，尤其是肿瘤浸润的深度对5年生存率有极大影响。T1、T2者5年生存率可达70%～100%，而T3、T4者5年生存率只有10%～40%，肿瘤若侵犯肌肉或括约肌外软组织，术后复发率高达60%以上。而且，如果出现区域淋巴结转移，特别是腹股沟淋巴结转移与原发瘤同时发现，其预后较差。

总之，如果患者处于肛管癌早期，还没有出现扩散转移的情况，只要进行积极的治疗，后期配合合理的护理，预防复发，其预后还是不错的。但是，如果是中晚期，其治愈的可能性就比较小。