现在医学界普遍认为，斑秃是一种自身免疫疾病，目前认为机体免疫功能紊乱是其发病的主要原因，即患者自身的免疫细胞攻击毛囊，导致毛囊不能正常工作，出现脱发。

导致斑秃的诱因大约有精神因素、疾病因素和遗传因素。精神压力大是导致这种免疫紊乱的常见诱因，不少患者在发病前有精神创伤或压力过大，比如家庭变故、失恋、学业工作紧张等。70%以上的患者有失眠多梦、入睡困难、早醒等睡眠失调。10%-20%的斑秃患者有家族史。

部分斑秃患者患有甲状腺疾病，包括桥本甲状腺炎、甲亢、甲减等，还有患者有自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、白癜风、特异性皮炎等，也可能会合并斑秃症状。

斑秃也易出现于更年期，有的斑秃病人同时有龋齿等感染病灶，有研究表明斑秃可能与这些疾病有关，细菌感染导致血管发生血栓和小血管炎，使其支配范围的毛发由于血液供应受阻而脱发。有毒物质、真菌、病毒、寄生虫感染也提示与本病有关。