疱疹性咽峡炎的平均潜伏期为3～5天， 发作的典型表现是突发高热，体温可达38.9℃～40℃，甚至更高，可能伴有抽搐。

婴儿和年幼儿童常见厌食、呕吐、易怒、易哭闹等表现；大龄儿童可能会说有不舒服、头痛、咽喉痛、吞咽困难、腹痛等。

咽喉检查时通常可见咽部充血呈鲜红色，伴有黄色或灰白色的小疱疹，约24小时以后，水疱破裂，留下直径为 3～4 mm浅表的黄色或灰白色溃疡，边缘伴有明显的红斑。

疱疹性咽峡炎通常是良性病变，持续时间短暂，一般可以完全康复，发热消退时间一般在2～4天，咽部溃疡一般可在5～6天内消退。