眼部扁平疣是人乳头状病毒感染眼睑引起的眼睑皮肤病变，对于眼扁平疣的治疗方法也是很多的，从最保守的单纯地使用重组人干扰素治疗，来遏制人类乳头状瘤的增生，这是一种方法。

眼部的扁平疣的治疗，首先要看扁平疣的多少、大小、分布的范围，如果数量少，可以用比较保守的物理手段，把凸起于皮肤的扁平疣给它腐蚀掉，或者说用高温给它烧灼掉。可以用二氧化碳激光、液氮冷冻或者化学剥脱剂进行治疗。

不过要注意，如果是面部扁平疣， 尽量避免用化学剥脱剂，因为容易引起色素沉着。如果数目很多，并且在短期之内逐渐增多，可以选择系统的用药物治疗，如口服或者注射提高免疫力的药物，如胸腺肽、甘露聚糖肽、转移因子胶囊等。还可以加用外用的抗病毒的药物，如干扰素、酞酊胺、HPV敷料等，还可以合用去角质的药物维A酸乳膏，这样可以增加疗效。但药物的使用一定要在医生的指导下进行。